Seit 1999 sind in der Sekundarstufe I Zollikofen das Wohl und die Gesundheit der Schüler/-innen und Lehrpersonen als Schwerpunktthema der Schulentwicklung definiert: Gegenseitiges Vertrauen, Achtung und Wertschätzung und eine klare Kommunikation zwischen den Schüler/-innen, Lehrpersonen und der Schulleitung sind Prioritäten die dadurch gesetzt wurden. Durch unterschiedliche Projekte werden die Selbst- und Sozialkompetenzen der Schüler/-innen gefördert. Als Besonderheit sind die alle drei Jahre stattfindenden klassenübergreifenden Projekten hervorzuheben, welche in einer Aufführung kulminieren.

Getragen wird die Gesundheitsförderung von der strukturellen Ebene. Dazu gehören zum Beispiel die Festlegung von gemeinsam getragenen Interventionsverfahren in schwierigen Situationen, die Definition von geeigneten Räumlichkeiten für die verschiedenen Aktivitäten (gemeinsame Überlegungen zur Organisation der Schulzimmer) und die Regelung der Dienstleistungen wie beispielsweise der Kantine.